در سال ۱۳۳۵ شادروان دکتر اقبالی با درجه استادی دانشگاه تهران، مامور گسترش آموزش عالی خوزستان و دانشگاه جندی شاپور شدند. در ماموریت خوزستان، دانشکده کشاورزی اهواز را با پیگیری خستگی ناپذیر بنیان نهادند. این امر مهم با واگذاری مزرعه هزار هکتاری ملاثانی، از املاک شرکت ملی نفت ایران در مناطق نفت خیز، به دانشکده کشاورزی دانشگاه جندی شاپور امکان یافت. این مرکز امروزه به نام دانشگاه رامین خوزستان شناخته می شود.

در سال ۱۳۴۰ دکتر اقبالی بار دیگر به دعوتسازمان ملل "یونسکو" به پاریس اعزام شدند. پروژه ایشان "بررسی سرچشمه های آب مصرفی جنوب پاریس و رودخانه سن" را به عنوان موضوع تحقیق انتخاب کردند. نتیجه تحقیقات فوق، به شکل تدوین رساله و ارائه فرمولی به نام نگارنده و همکارشان دکتر "مگنین" تهیه و در برابر هیأت داوران با امتیاز بالا پذیرفته شد.

در سال۱۳۴۲ زمان ریاست مرحوم دکتر منوچهر اقبال در سازمان ملل "یونسکو" ایشان به عنوان معاون یونسکو فعالیت می کردند که در نتیجه موفق به تأسیس رشته آب شناسی در دانشکده علوم دانشگاه تهران شد. ایشان به مدت ۲۰ سال دیگر در دانشگاه تهران همکاری و تدریس داشته و صاحب کرسی رشته آب شناسی "مخازن زیرزمینی آب" و زمین شناسی در دانشگاه تهران بودند.

در سال ۱۳۴۶ اولین مرکز آموزش عالی در خارج از مرکز را بنام "مدرسه عالی کشاورزی همدان" با موافقت سازمان برنامه تاسیس کردند. در طول ۱۰ سال حدود ۱۲۰۰ مهندس و کمک مهندس به بازار کار ایران معرفی شدند که بیشتر آنها در مراکز علمی، دانشگاهی و مدیریتی شدند. در سال ۱۳۷۳ در راستای برنامه نوین آموزش عالی کشور، دانشکده جدیدی به نام " موسسه آموزش عالی آبادانی و توسعه روستاها" در همدان تاسیس کردند. دکتر اقبالی اعتقاد داشتند تا زمانی که روستاهای کشور آباد نشوند و کشاورزان در زادگاه خود نمانند ایران به خودکفایی نخواهد رسید. این موسسه آموزش عالی با روند توسعه رشته ها و مقاطع تحصیلی در سال ۱۳۸۶ به نام موسسه آموزش عالی عمران و توسعه تغییر نام یافت. مرحوم دکتر علی اقبالی در اسفندماه سال ۱۳۸۷ از سوی انجمن آثار و مفاخر فرهنگی ایران به عنوان یکی از مفاخر علمی ایران معرفی و مورد تقدیر قرار گرفتند. دکتر اقبالی بنیانگذاری آموزش عالی کشاورزی را در غرب کشور و نیز گسترش رشته ترویج و آموزش کشاورزی در کشور را به خود اختصاص داد. شاگردان این انسان والا و شایان تقدیر، امروز در جای جای کشورعزیزمان ایران، در زمره ی مدیران اثرگذار و خوش نامی به هستند که توفیق ارائه خدمات ارزنده ی خود را مدیون این استاد بزرگوار می دانند."